__________________________________________________________________

POZIV NA PREDAVANJE

u utorak, 10. ožujka 2009. u 14.00 sati,

ZMB, Biološki odsjek PMF-a, Horvatovac 102a, Zagreb,

u seminaru ZMB (mala zgrada, I kat)

Genadij Razdorov

Centar za kliničke i translacijske znanosti Laboratorij za proteomiku, Medicinski fakultet Sveučilišta u Zagrebu

Proteomika: novo doba

Proteomika (analiza ukupnih proteina) u modernom obliku nastala je povezivanjem triju disciplina: separacije proteina elektroforezom u gelu, spektrometrije masa i sekvenciranja genoma. Prvo desetljeće proteomike bilo je desetljeće velikih očekivanja, napretka i sazrijevanja. Novi pristup u proteomici GeLCMS, omogućio je robustnost i viši stupanj automatizacije. Nastao kao kompromis između starog "2DE" i novijeg "gel-free" pristupa, GeLCMS jest kombinacija razdvajanja proteina "1D" elektroforezom te separacije peptida tekućinskom kromatografijom u kombinaciji sa spektrometrijom masa.

Izumom mekih tehnika ionizacije (ESI/MALDI), krajem 80tih prošlog stoljeća, započinje doba spektrometrije masa. Time je također omogućena spektrometrija masa proteina (odnosno peptida). Makarov izum Orbitrapa, potpuno novog principa spektrometrije masa, omogućio je nevjerojatan pomak u proteomici početkom ovoga stoljeća. Performansa bliskih FT-ICR instrumentima bez njihove kompleksnosti i cijene, Orbitrap je omogućio nisku učestalost lažno pozitivnih proteinskih identifikacija na rutinskoj razini.

Kvantifikacija putem spektrometrije masa (za razliku od kvantifikacije u gelu) drugi je veliki pomak za proteomiku. Uvođenjem SILAC (obilježavanje stabilnim izotopima putem aminokiselina u staničnoj kulturi) tehnologije, kvantifikacija putem spektrometrije masa postigla je visoku točnosti određivanja relativnih odnosa proteina na globalnoj razini. Dodatni efekt SILAC tehnologije u proteomici jest validacijski efekt sparenih signala.

Proteomika danas omogućuje globalno praćenje promjena na proteinskoj razini kao i pojedinihproteinskih modifikacija poput fosforilacije, glikozilacije, metilacije itd; te je postala nezaobilazna u sistemskom pristupu biologiji.